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發(fā)布時(shí)間:2019/9/9 來(lái)源: 上海一基實(shí)業(yè)有限公司 閱讀次數(shù):213
科研服務(wù)
1. 基因克隆服務(wù):
基因克隆是指從樣本組織或細(xì)胞中抽提總RNA,反轉(zhuǎn)錄,設(shè)計(jì)合成特異性引物后,通過(guò)RT-PCR擴(kuò)增獲得目的基因的DNA序列,獲得編碼全長(zhǎng)蛋白質(zhì)序列的DNA序列。根據(jù)特定序列設(shè)計(jì)特異性引物,通過(guò)PCR方法從組織或細(xì)胞中調(diào)取目的基因、克隆到 T 載體并進(jìn)行測(cè)序。服務(wù)范圍包含TA克隆構(gòu)建、定向克隆構(gòu)建、基因3’RACE克隆、基因5’RACE克隆等基因克隆服務(wù)。
2. 熒光定量PCR服務(wù):
熒光定量PCR是在常規(guī)PCR基礎(chǔ)上加入熒光標(biāo)記探針或相應(yīng)的熒光染料來(lái)實(shí)現(xiàn)其定量功能的。其原理是隨著PCR反應(yīng)的進(jìn)行,PCR反應(yīng)產(chǎn)物不斷累積,熒光信號(hào)強(qiáng)度也等比例增加,這樣就可以通過(guò)熒光強(qiáng)度的變化來(lái)對(duì)PCR反應(yīng)進(jìn)行實(shí)時(shí)的監(jiān)測(cè)。熒光定量檢測(cè)根據(jù)所使用的標(biāo)記物不同可分為熒光染料法和熒光探針?lè)。熒光染?/font>SYBR Green嵌入到雙鏈DNA分子后構(gòu)象發(fā)生變化,能夠吸收497nm的激發(fā)光并發(fā)出520nm的熒光;而不摻入DNA雙鏈中的染料分子不會(huì)發(fā)射任何熒光信號(hào),從而保證熒光信號(hào)的增加與PCR產(chǎn)物的增加完全同步。TaqMan 熒光探針是在擴(kuò)增時(shí)加入一個(gè)特異性的寡核苷酸熒光探針,兩端分別標(biāo)記一個(gè)報(bào)告熒光基團(tuán)和一個(gè)淬滅熒光基團(tuán)。探針完整時(shí),報(bào)告基團(tuán)發(fā)射的熒光信號(hào)被淬滅基團(tuán)吸收;PCR擴(kuò)增時(shí),Taq 酶的 5'-3' 外切酶活性將探針酶切降解,使報(bào)告熒光基團(tuán)和淬滅熒光基團(tuán)分離,從而熒光監(jiān)測(cè)系統(tǒng)可接收到熒光信號(hào),實(shí)現(xiàn)了熒光信號(hào)的累積與PCR產(chǎn)物形成完全同步。服務(wù)內(nèi)容包括:核酸定量分析、基因表達(dá)差異分析、甲基化檢測(cè)、SNP檢測(cè)、腫瘤基因檢測(cè)、藥物療效考核、產(chǎn)前診斷和病原體檢測(cè)等相關(guān)檢測(cè)分析。
3. SNP檢測(cè)服務(wù)
人類基因多態(tài)性既來(lái)源于基因組中重復(fù)序列拷貝數(shù)的不同,也來(lái)源于單拷貝序列的變異。其中單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphisms,SNPs),目前倍受關(guān)注的一類多態(tài)性主要是指在基因組水平上由單個(gè)核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。它是人類可遺傳的變異中最常見(jiàn)的一種。占所有已知多態(tài)性的90%以上。我們將會(huì)按客戶要求靈活定制SNPs分型方案,提供多種技術(shù)平臺(tái),滿足不同規(guī)模項(xiàng)目的需求。技術(shù)平臺(tái)主要有:①測(cè)序分型:SNP分析的金標(biāo)準(zhǔn),可發(fā)現(xiàn)未知SNP位點(diǎn);但成本較高,工作量大周期長(zhǎng),不適合大樣本做疾病關(guān)聯(lián)分析。②PCR-RFLP分型:判斷依據(jù)酶切后產(chǎn)生片段的大小和數(shù)目的變化,技術(shù)簡(jiǎn)便,價(jià)格便宜,僅使用已知SNP判斷,事宜少量樣本;但費(fèi)時(shí)費(fèi)力,靈敏度差,容易造成人工假相,使結(jié)果出現(xiàn)偏差。③Taqman 探針?lè)中?/font>:適合已知SNP位點(diǎn)、位點(diǎn)數(shù)量少、通量高的檢測(cè),結(jié)果直觀清晰,實(shí)驗(yàn)閉管進(jìn)行,因而減少了PCR污染的風(fēng)險(xiǎn);但探針合成費(fèi)用高,不能發(fā)現(xiàn)未知SNP位點(diǎn)。④飛行時(shí)間質(zhì)譜(MALDI-TOF MS)分型:檢測(cè)速度快,理論上能分析單個(gè)堿基的變化;但純物理加成易受到樣本因素的多種干擾,精確度難以保證。⑤全基因組分型芯片:起始樣品量要求很低,還能夠檢測(cè)多個(gè)感興趣的區(qū)域,從
而檢出罕見(jiàn)的基因突變;價(jià)格昂貴。
4. DNA甲基化檢測(cè)服務(wù)
DNA甲基化是最早發(fā)現(xiàn)的基因表觀修飾方式之一,真核生物中的甲基化往往僅發(fā)生于胞嘧啶,即在DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶(DNMTs)的作用下使CpG二核苷酸5'-端的胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)?/font>5'-甲基胞嘧啶。通常情況下,DNA甲基化能夠抑制基因的表達(dá),而去甲基化則會(huì)誘導(dǎo)基因的重新活化和表達(dá)。通過(guò)這種DNA修飾方式可以在不改變基因序列前提下實(shí)現(xiàn)對(duì)基因表達(dá)的調(diào)控。人DNA的甲基化狀態(tài)與生長(zhǎng)發(fā)育調(diào)控密切相關(guān),比如抑癌基因通過(guò)增加CpG島以外的CpG序列非甲基化程度,而CpG島中的CpG則呈高度甲基化狀態(tài),這樣將導(dǎo)致抑癌基因表達(dá)的下降,引起腫瘤的發(fā)生。甲基化檢測(cè)的研究應(yīng)用:1. 尋找甲基化位點(diǎn);2. 驗(yàn)證甲基化位點(diǎn),并進(jìn)行甲基化程度分析;3. 分析甲基化位點(diǎn)與研究的相關(guān)性;4.啟動(dòng)子甲基化檢測(cè)來(lái)驗(yàn)證基因的表達(dá)量變化。
5. cDNA文庫(kù)構(gòu)建服務(wù)
SMART技術(shù)的出現(xiàn)是一個(gè)新的里程碑,這個(gè)稱作 Switching Mechanism At 5 end of the RNA Transcript(SMART),能使我們擴(kuò)增得到的cDNA就是全長(zhǎng)cDNA;同時(shí)結(jié)合本公司文庫(kù)均一化技術(shù)和消減文庫(kù)技術(shù),特提供例如:普通cDNA文庫(kù)、SMART cDNA文庫(kù)、均一化(Normalized) cDNA文庫(kù)、SMART 均一化cDNA文庫(kù)、SMART cDNA消減文庫(kù)等基因文庫(kù)構(gòu)建服務(wù)。SMART cDNA文庫(kù)特點(diǎn):1. 只需要少至25ng的mRNA或50ng的總RNA;
2. 采用Clontech SMART專利技術(shù),全長(zhǎng)比率高;3. 實(shí)驗(yàn)周期短,最快2~3周即可完成整個(gè)文庫(kù)構(gòu)建。SMART cDNA文庫(kù)應(yīng)用:1.物種種質(zhì)資源開(kāi)發(fā)與保護(hù);2.物種遺傳功能分析;3.基因克隆與表達(dá);4.新基因發(fā)現(xiàn);5.功能基因的篩選。
6. SSH文庫(kù)構(gòu)建服務(wù)
抑制性消減雜交文庫(kù)技術(shù)是一種集抑制消減雜交、基因文庫(kù)和斑點(diǎn)雜交等技術(shù)為一體的、突破性的差異表達(dá)基因高效篩選技術(shù),與傳統(tǒng)的DD-PCR、SAGE及cDNA-RDA等技術(shù)相比,具有低豐度mRNA富集效率高、假陽(yáng)性低、靈敏度高、重復(fù)性好等特點(diǎn)。本服務(wù)方法結(jié)合了抑制性PCR和消減雜交技術(shù),同時(shí)融入我公司自主創(chuàng)新研發(fā)的基因文庫(kù)技術(shù),經(jīng)過(guò)體系不斷優(yōu)化,建立起了一套快捷、有效的差異基因全長(zhǎng)cDNA篩選的方法。技術(shù)特點(diǎn):只需要0.5-2 μg的 poly A RNA 或最低只需50 ng總RNA 可以在物種遺傳信息未知情況下進(jìn)行多樣本差異基因高通量篩選,尤其適用于非模式生物(植物\昆蟲(chóng)\魚(yú)類等)研究
通量差異基因以克隆形式獲得保存,方便后續(xù)實(shí)驗(yàn)研究(測(cè)序、RACE、引物設(shè)計(jì)等)。應(yīng)用領(lǐng)域:動(dòng)、植物發(fā)育和分化研究;動(dòng)、植物抗藥性基因差異;組織(病理和正常)基因差異;疾病易感性差異研究;微生物基因分型研究。
7. 噬菌體表面展示服務(wù)
噬菌體展示技術(shù)主要原理以改構(gòu)的噬菌體為載體,把待選基因片段定向插入噬菌體外殼蛋白質(zhì)基因區(qū),使外源多肽或蛋白質(zhì)表達(dá)并展示于噬菌體表面,進(jìn)而通過(guò)親和富集法表達(dá)有特異肽或蛋白質(zhì)的噬菌體。該技術(shù)作為篩選與多種靶分子 ( 如核酸、抗體、酶類、細(xì)胞表面受體等 ) 具有特異性親和力或活性的肽的一個(gè)有效方法,自問(wèn)世以來(lái)已取得了很大的發(fā)展, 并被廣泛地應(yīng)用于基因治療、基因疫苗研究、抗原表位研究、藥物篩選與設(shè)計(jì)、研究細(xì)胞信號(hào)傳導(dǎo)等領(lǐng)域。技術(shù)優(yōu)勢(shì):①形成的融合蛋白表達(dá)在噬菌體顆粒的表面,不影響和干擾噬菌體的生活周期,同時(shí)保持的外源基因天然構(gòu)象,能被相應(yīng)的抗體或受體所識(shí)別。② 外源多肽或蛋白質(zhì)表達(dá)在噬菌體的表面,而其編碼基因作為病毒基因組中的一部分可通過(guò)噬菌體的單鏈DNA測(cè)序推導(dǎo)出來(lái),該技術(shù)實(shí)現(xiàn)了基因型和表型的轉(zhuǎn)換。③與酵母雙雜交和雜交瘤細(xì)胞技術(shù)相比,噬菌體展示系統(tǒng)在篩選蛋白質(zhì)間相互作用和分泌抗體時(shí)更為簡(jiǎn)便、高通量,更適合于不能用酵母雙雜交研究的膜蛋白和轉(zhuǎn)錄因子,并且無(wú)需了解被研究的蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu),,在篩選過(guò)程中通過(guò)適當(dāng)改變條件可以直接評(píng)價(jià)相互結(jié)合的特異性。應(yīng)用領(lǐng)域:DNA、RNA 結(jié)合蛋白的研究;蛋白-蛋白相互作用的研究;非蛋白分子與蛋白相互作用研究;胞與蛋白相互作用的研究;用于模擬表位的研究;藥物篩選與導(dǎo)向;抗體疫苗制備。服務(wù)項(xiàng)目:1. 酵母展示文庫(kù)構(gòu)建;2. 噬菌體展示文庫(kù)構(gòu)建;3. 大腸桿菌展示文庫(kù)構(gòu)建;4. 展示文庫(kù)淘選服務(wù)。
8. 酵母雙雜服務(wù)
酵母雙雜交系統(tǒng)是將待研究的兩種蛋白質(zhì)的基因分別克隆到酵母表達(dá)質(zhì)粒的轉(zhuǎn)錄激活因子(如GAL4等)的DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域基因,構(gòu)建成融合表達(dá)載體,從表達(dá)產(chǎn)物分析兩種蛋白質(zhì)相互作用的系統(tǒng)。同以往研究蛋白質(zhì)—蛋白質(zhì)之間相互作用的實(shí)驗(yàn)手段相比,雙雜交系統(tǒng)具有其獨(dú)特優(yōu)勢(shì)。首先,融合體蛋白之間的相互作用是在真核酵母細(xì)胞內(nèi)進(jìn)行,蛋白質(zhì)有可能保持天然的折疊狀態(tài),類似其在體內(nèi)生理狀態(tài)下的情況,這是其他離體生化檢驗(yàn)方法所缺乏的,因此較之后者,它所證實(shí)的蛋白質(zhì)間相互作用將更接近于在體的真實(shí)水平。其次,雙雜交系統(tǒng)的敏感度即高,可以檢測(cè)到在蛋白質(zhì)之間結(jié)合常數(shù)低至 1mmol/L 左右的微弱作用。許多微弱或短暫的蛋白質(zhì)之間的相互作用可以借助報(bào)道基因表達(dá)過(guò)程中的多級(jí)放大效應(yīng)反映出來(lái);融合蛋白基因在強(qiáng)啟動(dòng)子的作用下,處于較高的表達(dá)水平。第三,在篩選 cDNA 文庫(kù)時(shí),雙雜交系統(tǒng)能夠簡(jiǎn)捷地得到編碼相互作用蛋白的基因序列,它只需構(gòu)建質(zhì)粒而不必準(zhǔn)備抗體或純化蛋白,省略了其它體外檢測(cè)蛋白之間相互作用方法所必須的蛋白抽提、純化等繁瑣步驟。酵母雙雜交系統(tǒng)的應(yīng)用:1、高靈敏度地檢測(cè)蛋白-蛋白的交互作用;2、尋找在蛋白-蛋白交互作用中起關(guān)鍵作用的結(jié)構(gòu)域或活性位點(diǎn);3、尋找與靶蛋白相互作用的新蛋白;4、尋找具有藥物治療作用的小分子多肽;5、尋找調(diào)控蛋白質(zhì)相互作用的化合物;6、繪制蛋白質(zhì)相互作用圖譜。
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