2002年，Bibikova等第一次用ZFN的方法通過在果蠅中成功突變了yellow基因，結(jié)果發(fā)現(xiàn)50%的雄性果蠅發(fā)生顏色的改變。

2008年，Meng等和Sangamo公司通過向斑馬魚單細(xì)胞胚胎中注人不同目的基因設(shè)計的ZFN mRNA，在斑馬魚中實現(xiàn)了ZFN介導(dǎo)的特定基因敲除并表現(xiàn)出預(yù)期的性狀。目前，ZFN技術(shù)已成功應(yīng)用到許多物種的遺傳學(xué)研究，例如擬南芥、煙草、非洲爪蟾、果蠅、大鼠、小鼠、豬、人等。

2011年，Li和Mahfouz等分別對天然TALE蛋白進行改造，將C端的轉(zhuǎn)錄激活子替換為FokI核酸內(nèi)切酶，首次實現(xiàn)用TALEN技術(shù)對DNA的切割。

2012年，TALEN被美國《科學(xué)》(Science)雜志評為十大科學(xué)突破之一。

2013年，首爾國立大學(xué)Kim課題組建立了一個全基因組規(guī)模的TALEN體系，通過一種高通量克隆體系，一次性構(gòu)建了18, 740個編碼蛋白的基因的 TALEN質(zhì)粒。

2012年6月，Doudna/Charpentier聯(lián)合課題組在《科學(xué)》雜志上指出CRISPR/Cas9可作為基因編輯技術(shù)，首次在體外證明CRISPR/Cas9技術(shù)可以切割任何的DNA鏈，指出CRISPR在活細(xì)胞中修改基因的能力。

2013年1月，哈佛大學(xué)的George Church實驗室和麻省理工學(xué)院/哈佛大學(xué)的Broad研究所的張鋒課題組在同一期的《科學(xué)》雜志上發(fā)表文章，證實了CRISPR/Cas9基因編輯技術(shù)被成功地運用到人類細(xì)胞的基因組，實現(xiàn)了CRISPR在哺乳動物細(xì)胞的基因編輯。

基因組編輯技術(shù)CRISPR/Cas9被《科學(xué)》雜志列為2013年年度十大科技進展之一，受到人們的高度重視。

2014年9月28日，來自加州大學(xué)的一個課題組，在《自然》雜志上證實借助于一種方法可以編程CRISPR/Cas9蛋白復(fù)合物在序列特異性的靶位點識別并切割RNA。這一研究發(fā)現(xiàn)有可能改變RNA功能研究的模式，為檢測、分析和操控RNA轉(zhuǎn)錄物鋪平了道路。

2015年11月30日，麻省理工學(xué)院-哈佛醫(yī)學(xué)院Broad研究所張鋒研究小組通過創(chuàng)建了3個新版本的Cas9酶大大降低了CRISPR/Cas9系統(tǒng)的脫靶效應(yīng)，有效改善了這一技術(shù)的最大局限性之一。這一研究發(fā)表在《科學(xué)》雜志上。

2016年3月17日，在線發(fā)表在《Cell》期刊上的一項新研究顯示，來自美國加州大學(xué)圣地亞哥分校的研究人員通過將一種流行的DNA編輯技術(shù)CRISPR-Cas9應(yīng)用到RNA上而實現(xiàn)這一壯舉。

2016年4月20日，來自德國的研究人員發(fā)表在《Nature》上的一項研究發(fā)現(xiàn)CRISPR/Cpf1系統(tǒng)可切割DNA和RNA，這是人們迄今為止發(fā)現(xiàn)的一種最簡單的CRISPR免疫系統(tǒng)。
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