癌癥通常按照形態(tài)進(jìn)行分類，這指的是病理學(xué)家在顯微鏡下看到的內(nèi)容。“如今，癌癥分類依據(jù)已經(jīng)開始從形態(tài)特征轉(zhuǎn)變?yōu)楦�有效的治療方式，其中的主要轉(zhuǎn)變在很大程度上歸功于基因組研究。”美國生物技術(shù)公司億明達(dá)（Illumina）腫瘤業(yè)務(wù)營銷副總裁約翰·萊特（John Leite）近日在接受《中國科學(xué)報》記者采訪時說。

他表示，基因組學(xué)正在改變腫瘤研究，其最終目標(biāo)是推進(jìn)癌癥的診斷、治療、監(jiān)控及最終的篩查方式。

影響腫瘤學(xué)未來發(fā)展

在腫瘤診斷方面，億明達(dá)的目標(biāo)是提供體細(xì)胞變異的評估。與形態(tài)學(xué)相比，基因組學(xué)可以對疾病進(jìn)行分類，并告知醫(yī)生一名特定患者的疾病驅(qū)動因素是什么，從而實(shí)現(xiàn)更好的診斷。

以骨髓增生異常綜合征（MDS，白血病的一種）為例。萊特表示，該病可根據(jù)奧氏小體或環(huán)形鐵粒細(xì)胞等分為很多亞類。這些子分類對病理學(xué)家有用，因?yàn)樗麄冊陲@微鏡下能看到小的亞結(jié)構(gòu)，但其對主治醫(yī)生的價值卻有限。

“與之相對的是根據(jù)5號染色體部分缺失進(jìn)行分類，這種分類對醫(yī)生如何治療患者很有意義。”萊特說。因?yàn)楦鶕?jù)遺傳組分，患者通常對藥物來那度胺反應(yīng)良好。“隨著可以對更多癌癥進(jìn)行遺傳分類，人們可以看到這一趨勢，即基因組學(xué)正幫助我們根據(jù)遺傳標(biāo)志物來定義疾病，這些標(biāo)志物可能激發(fā)腫瘤惡變，可作為治療靶點(diǎn)。”

目前，億明達(dá)正在力爭成為這一領(lǐng)域的領(lǐng)導(dǎo)者。“我們開發(fā)從試劑盒到儀器和軟件的研究方案，以改善未來的腫瘤診斷、預(yù)后、治療和監(jiān)控。”萊特說。該公司目前還在參與一些臨床試驗(yàn)，并與制藥公司合作，以開發(fā)與其療法相匹配的診斷方式。

據(jù)介紹，該公司目前將總體目標(biāo)放在轉(zhuǎn)化研究市場，鼓勵研究人員建立新一代的癌癥干預(yù)、診斷工具和療法。“我們的目標(biāo)是為研究人員提供解決方案，盡管研究人員今天仍在使用僅供科研用的解決方案，但在不久的將來有望看到臨床體外診斷檢測方案。”萊特表示，該公司目前正在研究的TruSight Tumor 15試劑盒就旨在利用新一代測序技術(shù)對15個實(shí)體瘤中常常突變的基因進(jìn)行全面評估，以期未來將其推向臨床。

聚焦免疫腫瘤學(xué)

體細(xì)胞變異是億明達(dá)腫瘤業(yè)務(wù)的基礎(chǔ)。同時，該公司對免疫腫瘤學(xué)存在很大興趣，正迅速地在這一新興應(yīng)用領(lǐng)域加強(qiáng)核心能力。

“最近一些側(cè)重于不同免疫療法的臨床試驗(yàn)發(fā)現(xiàn)，一些原本預(yù)后較差的患者獲得了有希望的治療結(jié)果。”萊特表示，“在免疫腫瘤學(xué)方面，人們必須評估許多不同的參數(shù)，才能從整體上了解患者的免疫系統(tǒng)如何與癌癥相互作用，確定他們是否適合免疫治療。”

他舉例說，新抗原檢測或能表明一些患者是否適合接種疫苗或T細(xì)胞療法，并可利用全外顯子組測序（WES）確定。腫瘤浸潤淋巴細(xì)胞則是另一個參數(shù)，可協(xié)助預(yù)測患者對治療如何應(yīng)答。“包含這些淋巴細(xì)胞（即滲透到腫瘤的免疫細(xì)胞）的腫瘤，通常意味著更積極的結(jié)果，因?yàn)樗鼈兊拇嬖谝馕吨�患者的免疫系統(tǒng)在參與對抗癌癥。而這個參數(shù)可通過基因表達(dá)評估。”

據(jù)介紹，億明達(dá)的轉(zhuǎn)錄組或RNA-Seq方案可幫助研究人員開發(fā)診斷工具，用于上述分析過程。同時，腫瘤整體問題還包括哪些炎癥過程參與了個別病例，這也是基因表達(dá)的問題。該公司產(chǎn)品線中的RNA-Seq或RNA Access可開展相關(guān)研究，而且這兩種方法同樣適用于一些免疫調(diào)控基因被癌癥所利用、以“規(guī)避”個體免疫系統(tǒng)檢測的病例。

為患者帶來全方位福音

基因組學(xué)不僅能夠更好地實(shí)現(xiàn)對腫瘤的分類和診斷，而且對于接下來的一個問題，即患者的整體風(fēng)險狀況怎樣如何，是低風(fēng)險、中等風(fēng)險還是高風(fēng)險的癌癥也具有預(yù)后意義。

醫(yī)生可利用臨床因素組合以及檢測到的突變，了解患者的整體風(fēng)險狀況。萊特表示，這些知識最終將帶來更多個性化的治療選擇，從而快速準(zhǔn)確地分配療法與靶向藥物。例如，在診斷出5號染色體部分缺失的情況下，MDS患者可根據(jù)遺傳圖譜選擇使用藥物Revlimid。再比如肺癌中多個基因（如EGFR、ALK）的突變可能需要選擇特定的抑制劑。

同時，一旦患者接受治療，醫(yī)生還需要知道，這是否是依據(jù)患者的所有信息做出的適當(dāng)療法。據(jù)介紹，目前億明達(dá)正在評估ctDNA，以監(jiān)控治療后或手術(shù)后的干預(yù)。其目的是確定患者癌癥的單個突變克隆，以及監(jiān)控血液中的相同變異。“在連續(xù)治療或干預(yù)后，我們期望變異被清除，不會再次出現(xiàn)，因?yàn)檫@可能與復(fù)發(fā)相關(guān)。如果再次看到變異，這也許是一個早期警告信號，提示人們改變療法或以不同的方式干預(yù)。”萊特說。

此外，還有其他的問題，如能否實(shí)現(xiàn)癌癥較早期階段篩查？病情可能如何發(fā)展？是否會復(fù)發(fā)？整體的生存概率如何？除了患者，其家人是否有風(fēng)險？萊特表示，這些類型的問題目前只是基因組學(xué)潛在的研究方向，仍處于理論階段，但有著巨大的社會意義。