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齊一生物:對60706個體進行外顯子組測序,揭示全球遺傳變異的模式
由悉尼大學(xué)的Monkol Lek博士和麻省理工學(xué)院Broad研究所的丹尼爾·麥克阿瑟博士和哈佛大學(xué)領(lǐng)導(dǎo)的研究,通過對擁有不同地域的祖先的60706個個體進行外顯子組測序,揭示了全球遺傳變異的模式。這些地域包括歐洲、非洲、南亞、東亞和拉美,結(jié)果發(fā)表在今天的《自然》雜志上。
利用大量由外顯子組聚集聯(lián)盟(EXAC)提供的外顯子組測序數(shù)據(jù),該研究小組確認(rèn)了約740萬處遺傳變異,提供了前所未有的、在人群中低頻編碼蛋白的變異體。EXAC將60706名互不相關(guān)的個體的外顯子組數(shù)據(jù)進行分類,這些數(shù)據(jù)通過眾多疾病特異性和種群遺傳學(xué)研究測序所得。EXAC的網(wǎng)站訪問量已經(jīng)超過520萬次,目前每周有7萬的頁面瀏覽量。
在新一期的《自然》雜志的子分析中,作者分析了其他研究中報告的192種致病變種,只有九個具有足夠的數(shù)據(jù)支持如下結(jié)論:這些變體有強烈的疾病相關(guān)性。
“人類遺傳變異的大型參考數(shù)據(jù)集是破譯醫(yī)學(xué)和功能相關(guān)性DNA序列改變的關(guān)鍵。”Lek博士說。
“這個分析揭示了遺傳變異的全球性模式,提供了小的遺傳變異數(shù)據(jù)集無法解析的全球模式。”
外顯子測序是用于測序編碼蛋白基因的方法。人類約有180,000個外顯子,構(gòu)成了人類基因組的百分左右,或大約30萬個堿基對。
已知的遺傳變異性疾病中,四分之三位于編碼蛋白質(zhì)的外顯子組中?紤]到測試所有基因組序列的成本和分析數(shù)據(jù)所面臨的技術(shù)難題,研究人員正將他們的大部分研究集中在外顯子測序方面。
解讀結(jié)果是基因測序中的核心挑戰(zhàn)。每個外顯子組包含大約13500個單核苷酸變體,這些變體改變了氨基酸。這些變體中的大部分是功能性變體。醫(yī)學(xué)研究人員的艱巨任務(wù),是區(qū)分那些病理性變體,含有這些變體的患者往往很少或沒有可檢測的臨床后果。