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齊一生物:關(guān)于需鈉弧菌替代傳統(tǒng)模式生物大腸桿菌的研究

點擊次數(shù):974 發(fā)布時間:2016/7/5
 前不久才因“密謀”合成人類基因組而登上全球各大媒體頭條、引發(fā)爭議一片的哈佛大學(xué)遺傳學(xué)大神George Church,是位不循規(guī)蹈矩的怪才。舉個例子,早在杜克大學(xué)讀書時,此君就曾因不想聽課導(dǎo)致幾門課不及格,結(jié)果被迫退學(xué),好在哈佛慧眼識才,收留了他。Church大神這兩天又鬧出了大動靜,帶著一伙人,正打算將傳統(tǒng)模式生物大腸桿菌(Escherichia coli)給拉下馬,讓整個生物學(xué)界都驚掉了下巴,他們研究成果的預(yù)印本發(fā)表在bioRxiv上。在Church等人看來,眼巴巴地等著大腸桿菌生長和繁殖實在是罪不可赦,白白浪費了科研人大把的時間,有鑒于此,他們花了大力氣找到了一種新的模式生物,這便是需鈉弧菌(Vibrio natriegens),這種菌生活在“鹽水沼澤”里,是已知生長速度*快的細(xì)菌。

 

屢屢把科學(xué)界嚇一跳的遺傳學(xué)大神George Church。圖片來源:Harvard University

自打在131年前被發(fā)現(xiàn)以來,大腸桿菌就一直充當(dāng)著微生物學(xué)基礎(chǔ)研究急先鋒的角色,其易于培養(yǎng)且安全性高的特點更是贏得了科學(xué)家的廣泛青睞——作為模式生物,大腸桿菌的四個株系在實驗室環(huán)境下表現(xiàn)良好,并且喪失了感染人類腸道的能力。此外,大腸桿菌繁殖速度比較快,在適當(dāng)?shù)臈l件下,差不多每20分鐘數(shù)量就能翻一番。不過,大腸桿菌之所以如此受歡迎,更多則是習(xí)慣使然——它是文獻里的老面孔,所以給人的感覺就是非?孔V。

“我們之所以愛用大腸桿菌,不過是因為我們*了解它。”此次與Church聯(lián)手的哈佛大學(xué)遺傳學(xué)家Henry Lee這樣說道。每次看到搞基因組研究就不得不耐心等待那些小不點生長,Henry Lee都煩心不已。這種現(xiàn)狀促使他試圖找出更好的替代物,結(jié)果便是,他將目光投向了需鈉弧菌,條件適宜時,這種細(xì)菌差不多每10分鐘數(shù)量就能翻一番,比起大腸桿菌速度要快上1倍。

 

大腸桿菌的SEM圖像。圖片來源:Rocky Mountain Laboratories/NIAID/NIH

需鈉弧菌和霍亂弧菌(Vibrio cholerae)在同一個屬,后者正是導(dǎo)致霍亂的元兇。不過,并沒有證據(jù)表明需鈉弧菌對人體有害。實際上,有證據(jù)表明,需鈉弧菌很難被噬菌體感染,不會產(chǎn)生霍亂毒素。

為了鼓勵其他實驗室也用上需鈉弧菌,Lee等人已率先完成了該菌基因組的測序工作(還給出了培養(yǎng)條件的相關(guān)信息),并將其公之于眾。他們甚至發(fā)展出了一種可運用于需鈉弧菌的CRISPR基因組編輯體系。“為了讓需鈉弧菌成功取代大腸桿菌,我們算是絞盡腦汁。”Lee說。

雖然整個微生物研究界對LeeChurch的大膽計劃頗為看好,但同時也持謹(jǐn)慎態(tài)度。哥倫比亞大學(xué)生物學(xué)家Harris Wang一直使用大腸桿菌進行合成生物學(xué)和基因組學(xué)的研究,他覺得還需要進一步研究需鈉弧菌基因組的穩(wěn)定性,比如看看多代后的情況,此外得觀察一下該菌的含鹽生長環(huán)境是否會對實驗對象(如提純的DNA)帶來影響。“不管怎樣,我覺得做這種嘗試是挺有意義的,如果未來需鈉弧菌或其他的什么菌真被證明是一個更好、更有用的平臺,那就太棒了!”Wang說。

密歇根州立大學(xué)的生物學(xué)家Richard Lenski是研究大腸桿菌的行家,他也對需鈉弧菌頗為期待,盡管他并不確定研究者從需鈉弧菌超強的繁殖能力中到底能獲得多少實際利益。“究竟有多少科學(xué)研究受制于實驗用菌的生長繁殖速度,這我也說不上來,”他說,“但時間終究會告訴我們真相,而且多了解一些關(guān)于這種生物的知識,本身也是樂事一樁。”

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