文獻(xiàn)：Targeted in situ genome-wide profiling with high efficiency for low cell numbers

隨著技術(shù)的發(fā)展，ChIP-seq的改進(jìn)可以實(shí)現(xiàn)TFs 6-8堿基對(duì)分辨率的映射，但實(shí)驗(yàn)結(jié)果還是存在很多問題，比如說ChIP的高背景限制了靈敏度，需要的細(xì)胞比較多以及交聯(lián)和增溶產(chǎn)生的假象。而CUT&RUN相比于傳統(tǒng)ChIP在細(xì)胞量和信噪比等方面的優(yōu)勢(shì)。

1）在整個(gè)實(shí)驗(yàn)過程中，pMNase的量對(duì)片段化的結(jié)果至關(guān)重要

fig1.兩批樣品500μl體積中，600,000個(gè)K562細(xì)胞，加入不同濃度的pA-MN，片段化之后，采用TapeStation 通過分析熒光強(qiáng)度來分析pA-MN對(duì)H3K27me3基因組片段化的影響。

2）CUT&RUN技術(shù)用于少量細(xì)胞，信噪比很好

研究者檢測(cè)了100-6000個(gè)K562細(xì)胞的H3K27me3的基因組分布，發(fā)現(xiàn)在低至100細(xì)胞時(shí)，CUT&RUN仍可以很好地檢測(cè)出H3K27me3的峰，而且在異染色質(zhì)區(qū)也樣可以看到峰。

fig2.CUT&RUN可以檢測(cè)低至100細(xì)胞的H3K27me3基因組分布（a）ENCODE數(shù)據(jù)庫中的K562細(xì)胞的H3K27me3 ChIP-seq結(jié)果，及6000-100個(gè)K562細(xì)胞的H3K27me3 CUT&RUN結(jié)果。（b）CUT&RUN結(jié)果的散點(diǎn)圖，以50bp為個(gè)bin，相對(duì)于陰性對(duì)照IgG，6000細(xì)胞與100細(xì)胞有明顯更強(qiáng)的相關(guān)性。（c）熱圖顯示6000-100細(xì)胞的CUT&RUN結(jié)果有很好的相關(guān)性。

3）CUR&RUN技術(shù)檢測(cè)的信噪比要比傳統(tǒng)ChIP-seq高很多

研究者檢測(cè)了轉(zhuǎn)錄因子CTCF的基因組結(jié)合位點(diǎn)，發(fā)現(xiàn)CUR&RUN技術(shù)檢測(cè)比ENCODE的CTCF ChIP-seq的信噪比要高很多，而且只需1.25萬細(xì)胞就能得到很高質(zhì)量的結(jié)果。盡管用1000細(xì)胞則會(huì)損失些峰。

fig3.用CUT&RUN檢測(cè)CTCF的結(jié)合位點(diǎn)，比ENCODE中的CTCF ChIP-seq信噪比高很多。

本文圖2、圖3分析源自CST公司。

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