自從 20 世紀(jì)初以來(lái)，現(xiàn)有真菌類群的演化時(shí)間都可以被測(cè)算。這要?dú)w功于 DNA 測(cè)序?yàn)榛�礎(chǔ)的分子鐘分析方法的建立，及作為演化時(shí)間校訂點(diǎn)的真菌化石的發(fā)現(xiàn)（如 1997 年在多米尼加發(fā)現(xiàn)了 9 千萬(wàn)年前的琥珀中保存完整的蘑菇化石；在加拿大溫哥華發(fā)現(xiàn)了距今 1 億 1 千 3 百萬(wàn)年前的刺革菌化石等）。近期，中國(guó)科學(xué)院微生物研究所趙瑞琳課題組首次把真菌的演化時(shí)間應(yīng)用于確定分類等級(jí)（界門綱目科屬）和分類系統(tǒng)重建工作中，制定了演化時(shí)間作為確定分類等級(jí)的一個(gè)新標(biāo)準(zhǔn)，在劃分單系類群的分類等級(jí)時(shí)，相同分類等級(jí)的演化時(shí)間應(yīng)大體一致，高分類等級(jí)的演化時(shí)間要早于低分類等級(jí)的原則。

該研究思路首先是在種類及進(jìn)化支序繁多的蘑菇屬（Agaricus L.） 上應(yīng)用，具體工作為：在 700 余世界各地樣品初步的系統(tǒng)發(fā)育分析的基礎(chǔ)上，以兩個(gè)傘菌綱化石標(biāo)本為演化時(shí)間校訂點(diǎn)，通過(guò)多基因序列的分子鐘分析，確定蘑菇屬演化形成于 6 千 6 百萬(wàn)年前；在 3 千萬(wàn)年前形成 6 個(gè)單系支序（被命名為亞屬）；在 2 千萬(wàn)年前左右，進(jìn)一步分化出 22 個(gè)單系支序（被命名為組）；而其它單系支序由于形成時(shí)間明顯晚于上述時(shí)間，不被劃分為任何一個(gè)種上分類單元（Zhao et al. Fungal Divers. 78:239-292, 2016；Chen et al. Persoonia38:170-196, 2017），*終重建了蘑菇屬的世界性分類體系，圓滿解決了蘑菇屬內(nèi)大量新進(jìn)化分支的命名分類難點(diǎn)。

隨后，為了進(jìn)一步驗(yàn)證演化時(shí)間在更高分類等級(jí)上的應(yīng)用，對(duì)真菌中的一個(gè)主要類群擔(dān)子菌門（是大型真菌如蘑菇等的主要構(gòu)成，也包括微小的銹菌、黑粉菌等，成員大致占真菌總數(shù)的 30%）以相同的研究思路開(kāi)展了研究。研究人員首先集結(jié)近十年來(lái)?yè)?dān)子菌門的*新進(jìn)展，分別構(gòu)建了擔(dān)子菌門 6 個(gè)基因的系統(tǒng)發(fā)育圖譜（圖 1，分析樣品包括門內(nèi)所有 18 綱，3 亞綱和幾乎所有目 62 目，183 科，392 屬，共 539 個(gè)種），及基于 396 個(gè)直系同源基因的系統(tǒng)發(fā)育圖譜（圖 2，17 綱，54 目，共 116 個(gè)種）。隨后的分子鐘分析表明擔(dān)子菌門演化形成于 5 億 3 千萬(wàn)年前，擔(dān)子菌門中 4 個(gè)亞門的演化時(shí)間為 4 億－4 億 9 千萬(wàn)年前；對(duì)于具有大型子實(shí)體的傘菌綱的演化時(shí)間范圍分別為 3 億 4 千萬(wàn)－3 億 9 千萬(wàn)年前；具有較小子實(shí)體的銹菌亞門和黑粉菌亞門中綱的演化時(shí)間范圍分別為 2 億 4 千萬(wàn)－3 億 4 千萬(wàn)年前；擔(dān)子菌門中各個(gè)目的演化時(shí)間為 1 億 2 千萬(wàn)－2 億 9 千萬(wàn)年前（圖 3）。因此建議把這些演化時(shí)間作為建立擔(dān)子菌門中目及目以上分類等級(jí)的一個(gè)依據(jù)。借助于演化時(shí)間這一新標(biāo)準(zhǔn)，還新認(rèn)定一個(gè)亞門 Wallemiomycotina；發(fā)現(xiàn) 1 個(gè)目由于過(guò)于年輕的演化時(shí)間建議廢除；2 個(gè)科由于具有古老演化時(shí)間，分別正式提升為 2 個(gè)目（Zhao et al. Fungal Divers 84:43-74，2017）。

該課題組的研究表明演化時(shí)間可以成為劃分真菌分類等級(jí)的一個(gè)新標(biāo)準(zhǔn)，而且給出了擔(dān)子菌門劃分亞門、綱、亞綱和目的演化時(shí)間范圍標(biāo)準(zhǔn)。此研究方法為解決大量發(fā)現(xiàn)的新進(jìn)化支序的合理分類問(wèn)題，制定更客觀和穩(wěn)定的分類系統(tǒng)提供新的依據(jù)，目前已在其它類群（如子囊菌門、表生真菌等）的系統(tǒng)學(xué)研究中采用。