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單細(xì)胞測(cè)序細(xì)分腫瘤亞型-齊一生物
單細(xì)胞測(cè)序是逐個(gè)細(xì)胞進(jìn)行的 RNA 轉(zhuǎn)錄分析,能夠?qū)δ[瘤生物學(xué)提供更有力的洞察力。但是因成本的限制,只能用在有限數(shù)量的腫瘤細(xì)胞上。
研究團(tuán)隊(duì)設(shè)想,結(jié)合從有限的腫瘤細(xì)胞數(shù)量上獲得的單細(xì)胞 RNA 數(shù)據(jù),與已有的大規(guī)模研究產(chǎn)生的表達(dá)數(shù)據(jù)相結(jié)合的辦法,或許能揭示出一些腦癌相關(guān)的生物學(xué)信息。
星形細(xì)胞瘤和少突膠質(zhì)細(xì)胞瘤都被認(rèn)為是不治之癥,但手術(shù)和放療可明顯延長(zhǎng)生存期。這兩種腫瘤被認(rèn)為是由支持和保護(hù)神經(jīng)元的神經(jīng)膠質(zhì)細(xì)胞的亞型發(fā)育而來(lái)的,但在遺傳學(xué)、外觀(guān)和基因表達(dá)方面都有所不同。雖然這兩種類(lèi)型的腫瘤都含有類(lèi)似的神經(jīng)膠質(zhì)細(xì)胞,它們也都含有該細(xì)胞類(lèi)型的標(biāo)記,這就引起了人們對(duì)它們起源于不同類(lèi)型細(xì)胞這一普遍看法的質(zhì)疑。
研究團(tuán)隊(duì)對(duì) 10 例星形膠質(zhì)瘤樣本中的 9800 個(gè)細(xì)胞和 6 例少突膠質(zhì)瘤樣本中的 4300 個(gè)細(xì)胞進(jìn)行了單細(xì)胞 RNA 測(cè)序。再結(jié)合癌癥基因組 Atlas 中的 165 例轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),研究人員發(fā)現(xiàn),兩種腫瘤都含有 3 種癌癥細(xì)胞:非增殖性細(xì)胞(nonproliferating cells)、類(lèi)神經(jīng)干細(xì)胞(resemble neural stem)和祖細(xì)胞(progenitor cells)。其中的非增殖細(xì)胞被細(xì)分為星形膠質(zhì)細(xì)胞樣和少突膠質(zhì)細(xì)胞樣。而不同之處主要是遺傳學(xué)差異,以及腫瘤微環(huán)境(如特異性免疫細(xì)胞豐度等)組成不同。
文章的通訊作者 Mario Suvà 大夫介紹:“我們的研究重新定義了兩種密切相關(guān)膠質(zhì)瘤的細(xì)胞組成,它們是以 IDH 基因突變?yōu)樘卣鞯男切渭?xì)胞瘤和少突膠質(zhì)細(xì)胞瘤。雖然我們知道它們是基因不同的腫瘤類(lèi)型,但我們不知道它們是否有類(lèi)似的起源細(xì)胞,或者它們的表達(dá)差異是否可以由遺傳學(xué)、它們發(fā)育起源的細(xì)胞、或腫瘤微環(huán)境來(lái)解釋。”