美國喬治亞理工學(xué)院科學(xué)家使用一種稱為RNA測序的新技術(shù)，描繪出了炭疽芽孢桿菌的基因表達。公布在*新一期《細菌學(xué)》雜志網(wǎng)絡(luò)版上的此項研究成果，標志著任何細菌轉(zhuǎn)錄（細菌表達不同基因時產(chǎn)生的完整信使RNA集合）自此可被全面定義，并為研究細菌如何調(diào)控基因表達提供了更多細節(jié)。

喬治亞理工學(xué)院光電系統(tǒng)實驗室的研究人員表示，細菌的基因組測序已是相當(dāng)普通的事情，但要更深層次地定義其轉(zhuǎn)錄是一件非常艱巨的任務(wù)。使用傳統(tǒng)方法，轉(zhuǎn)錄的結(jié)構(gòu)和豐度實際上只能一次一個基因地加以確定，即使是*為廣泛研究的物種，要對其進行完整意義上的轉(zhuǎn)錄也是遙不可及之事。RNA測序方法使科學(xué)家們得以克服傳統(tǒng)方法的局限，以非常詳細的方式觀察B型炭疽基因組的5000多個基因中的每一個基因的表達和調(diào)控。

RNA測序方法通過使用一種稱為高通測序的技術(shù)來實施，可同時對數(shù)百萬個信使RNA進行測序。雖然這種方法在2008年曾被用來定義一些真核有機體的轉(zhuǎn)錄，但其難以適用于細菌，因為細菌信使RNA具有不同的結(jié)構(gòu)，且不易和細胞中的其他RNA相分離。

為了解決這個問題，喬治亞理工學(xué)院和生命技術(shù)公司的研究人員開發(fā)了一套可讓RNA測序適用于任何細菌的程序。

在使用這種技術(shù)研究B型炭疽的過程中，研究人員對收集自不同條件下生長的B型炭疽細胞進行了測序。他們采集了超過2億7千萬個序列“標記”，其中每一個序列相當(dāng)于一個RNA分子的短片段，然后，他們使用自己開發(fā)的定制軟件工具將其拼接在一起。

研究人員表示，這些數(shù)據(jù)一旦合在一起，就很容易看到基因組的轉(zhuǎn)錄結(jié)構(gòu)，也就是看到基因組的轉(zhuǎn)錄和非轉(zhuǎn)錄區(qū)域間的清晰邊界，這代表了個別轉(zhuǎn)錄開始和終止的地方。這些轉(zhuǎn)錄邊界準確地告知研究人員在哪里可找到管理基因表達的調(diào)控序列，而這些序列是其他方法非常難以找到的。

研究人員還發(fā)現(xiàn)，RNA測序本質(zhì)上只是一種高通量的計數(shù)技術(shù)，它提供了一種方法來決定細胞中的轉(zhuǎn)錄有多豐富。該方法在測量基因表達時要比傳統(tǒng)的微陣列方法具有高得多的靈敏度。將一個細菌基因組中每個基因的結(jié)構(gòu)和豐度信息相結(jié)合，研究人員就可以采取更為合理的方法來完成抗生素發(fā)現(xiàn)和微生物工程設(shè)計這樣的工作

原創(chuàng)作者：成都比朗實驗設(shè)備有限公司