E. coli Uracil N-Glycosylase (UNG)，即大腸桿菌UDG或UNG，可催化含尿嘧啶的DNA鏈中的尿嘧啶(dU)堿基和脫氧核糖之間的N-糖苷鍵發(fā)生水解，從而釋放游離尿嘧啶。Uracil-DNA Glycosylase (UDG)可以水解含有dU的單鏈或雙鏈DNA，但不能水解RNA或含有dU的長(zhǎng)度不超過(guò)6個(gè)堿基DNA寡聚體。

UDG主要應(yīng)用于消除PCR擴(kuò)增過(guò)程中帶來(lái)的產(chǎn)物污染問(wèn)題。其防止污染的原理為：在PCR反應(yīng)中加入適量的dUTP，以dUTP替代dTTP摻入DNA中，形成含dU堿基的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物；后續(xù)進(jìn)行PCR反應(yīng)時(shí)，使用UDG酶選擇性切割可能被污染而帶入的之PCR擴(kuò)增產(chǎn)生的含有dU的單鏈或雙鏈DNA，從而避免之的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物可能的污染對(duì)于本次PCR擴(kuò)增帶來(lái)的負(fù)面影響。

活性定義：One unit is defined as the amount of enzyme that catalyzes the release of 60 pmol of uracil per minute from double-stranded, uracilcontaining DNA. Activity is measured by release of [3H]-uracil in a 50 μl reaction containing 0.2 μg DNA (10⁴–10⁵ cpm/μg) in 30 minutes at 37℃.

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E. coli UDG酶在大多數(shù)PCR反應(yīng)緩沖液體系中均有活性，但對(duì)于自行使用的PCR或RT-PCR體系， 使用時(shí)建議先測(cè)試一下是否和所使用的體系兼容。通常取含dUTP的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物，參考圖1加入適量UDG，觀察能否有效降解含dUTP的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物。

E. coli UDG酶消化產(chǎn)生的DNA鏈的無(wú)堿基位點(diǎn)可通過(guò)加熱，堿處理或核酸內(nèi)切核酸酶處理而除去。通常PCR反應(yīng)過(guò)程中的加熱步驟可以確保UDG酶消化的位點(diǎn)被完全剪切開(kāi)。

E. coli UDG酶在比較寬泛的pH范圍內(nèi)具有活性，其適pH值為8.0，E. coli UDG酶活不需要二價(jià)陽(yáng)離子，并被高離子強(qiáng)度(> 200 mM)所抑制。

E. coli UDG酶可以在PCR反應(yīng)清除不慎污染的含dUTP的PCR產(chǎn)物，從而避免由于污染導(dǎo)致的PCR假陽(yáng)性結(jié)果。

E. coli UDG在加熱變性后可能由于重折疊而在較低溫度下表現(xiàn)出殘留活性。因此，建議在退火步驟中使用55℃或更高的溫度進(jìn)行后續(xù)PCR。

E. coli UDG可以用于DNA或cDNA的常規(guī)PCR或qPCR擴(kuò)增體系，但通常不建議用于RT-PCR體系。因?yàn)樵诜崔D(zhuǎn)錄條件下，通常E. coli UDG會(huì)保持活性，并可能消化新合成的cDNA。

E. coli UDG酶經(jīng)95℃加熱10min處理后，仍會(huì)保持少量活性，如果希望用于RT-PCR體系，需要反轉(zhuǎn)錄和PCR分開(kāi)進(jìn)行，在反轉(zhuǎn)錄時(shí)不使用dUTP，在反轉(zhuǎn)錄后加入E. coli UDG酶處理，然后進(jìn)行常規(guī)的PCR或qPCR，或者建議加入U(xiǎn)DG抑制劑(如來(lái)自枯草芽孢桿菌噬菌體PBS2的Ugi蛋白或噬菌體phi29的p56蛋白)進(jìn)一步抑制E. coli UDG的酶活性。

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