上海中山醫(yī)院呼吸科學(xué)科設(shè)有門診胸部疾病診斷中心（包括7個(gè)專科門診）、普通門診和呼吸普通病房、呼吸老年病房、呼吸重癥監(jiān)護(hù)病房、肺部腫瘤綜合診療中心；有四個(gè)專業(yè)實(shí)驗(yàn)室，分別是肺功能、臨床微生物、細(xì)胞及分子生物學(xué)和生物物理實(shí)驗(yàn)室。此外，還兼管上海市呼吸內(nèi)科臨床質(zhì)控中心和上海市院內(nèi)感染質(zhì)控中心。開展的醫(yī)療新技術(shù)有介入性纖支鏡、肺部腫瘤綜合診療、肺部感染診斷和鑒別診斷、呼吸衰竭治療新技術(shù)、全麻密閉加壓氧分側(cè)肺盥洗術(shù)以及胸肺介入技術(shù)和胸腔鏡等，經(jīng)常派出專家參加上海和各省市的疑難病例會(huì)診，并經(jīng)常受邀請(qǐng)參加國(guó)內(nèi)外的學(xué)術(shù)講座和報(bào)告。

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