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DNA親子鑒定主要通過以下特征來判定

體細(xì)胞穩(wěn)定性：同一個(gè)體的血液、口腔細(xì)胞、精液以及各器官組織DNA是一致的，并且對同一健康人來說是終生不變的，這是*基本的前提。
個(gè)體高度特異性：不同個(gè)體DNA 分子水平上遺傳本質(zhì)的差異，決定了同一種限制酶消化基因組DNA ，某一個(gè)體與另一個(gè)體的等位基因片段在數(shù)量和長度上是不可能相同的，從而產(chǎn)生具有個(gè)體特異性的DNA 。
按孟德爾遺傳規(guī)律遺傳：通過大量的家系調(diào)查證明，子代DNA 中所有等位基因帶都可以在雙親的DNA中找到，片段的傳遞符合孟德爾遺傳規(guī)律。

判定親生關(guān)系的理論依據(jù)是孟德爾遺傳的分離律。按照這一規(guī)律，在配子細(xì)胞形成時(shí)，成對的等位基因彼此分離，分別進(jìn)入各自的配子細(xì)胞。精、卵細(xì)胞受精形成子代，孩子的兩個(gè)基因組一個(gè)來自母親，一個(gè)來自父親；因此同對的等位基因也就是一個(gè)來自母親，一個(gè)來自父親。鑒定結(jié)果如果符合該規(guī)律，則不排除親生關(guān)系，若不符合，則排除親生關(guān)系（變異情況除外）。在大多數(shù)的情況下，母、子關(guān)系是已知的，要求鑒定假設(shè)父和孩子是否親生關(guān)系。此時(shí)首先從母、子基因型的對比中，可以確定孩子基因中可能來自父親的基因（生父基因，OG）。然后觀察假設(shè)父親的基因型，如果不具有生父基因，則可排除假設(shè)父與孩子的親生關(guān)系。若假設(shè)父也具有生父基因，結(jié)果就不能排除假設(shè)父的親生關(guān)系，假設(shè)某案例中母親是FGA-22/23型，孩子為22/25型，從比較中可確定生父基因是FGA-25。此案中假設(shè)父1為FGA-22/24型；假設(shè)父2為24/25型。其中假設(shè)父1不具備生父基因25，故可排除他與孩子的親生關(guān)系；相比之下，假設(shè)父2因具有FGA-25，不排除與孩子有親生關(guān)系。