現(xiàn)實(shí)情況是，大多的種植戶原基是自然形成的，不知不覺中發(fā)現(xiàn)廂面上或地膜下面發(fā)生了原基或小菇，并不涉及催菇這一步，當(dāng)然也有密密麻麻的原基現(xiàn)象，當(dāng)養(yǎng)菌階段結(jié)束，菌絲營(yíng)養(yǎng)儲(chǔ)備完成，溫度和水分合適的情況下，自然扭結(jié)形成了原基（注意前面有營(yíng)養(yǎng)儲(chǔ)備、溫度和水分三個(gè)重要的前提），這中自然出菇現(xiàn)象與近年來(lái)商業(yè)推廣的易出菇羊肚菌品種的逐步馴化有關(guān)。如果此時(shí)地膜還沒來(lái)得及撤掉，將面臨一個(gè)非常難處理的步驟，就是此時(shí)的地膜該如何處理，地膜下面的原基猶如溫室里的花朵，受到任何的風(fēng)吹擾動(dòng)，均容易死亡，這也是很多種植戶發(fā)現(xiàn)的地膜一揭，原基就死的現(xiàn)象。如遇到地膜下面有少量原基，直接撤地膜，繼續(xù)催菇操作，等于現(xiàn)有的少量原基不要，為的是下一批更好更多的原基出來(lái)；如遇地膜下面大量原基形成，可將外源營(yíng)養(yǎng)袋間隔摞起，將地膜支撐起一個(gè)高度，地膜兩邊適當(dāng)壓一下，這樣空氣可以進(jìn)入地膜下面，又不至于廂面的水分喪失太厲害，也有足夠高的空間確保菇子可以正常生長(zhǎng)，待菇子長(zhǎng)至三四厘米以上，再在地膜上面依次增大劃口，過渡到地膜全部撤掉。這樣的操作在小面積是可行的，不具備商業(yè)價(jià)值。

催菇，是通過人為操作刺激，刺激菌絲從營(yíng)養(yǎng)生長(zhǎng)轉(zhuǎn)向生殖生長(zhǎng)的過程。催菇的判斷有兩個(gè)主要條件，內(nèi)在的生理成熟和外在的環(huán)境適宜出菇之后菇子能正常生長(zhǎng)，這些內(nèi)在和外在的因素實(shí)際都是菌絲可感知的。因此，首先是內(nèi)在的生理成熟，及營(yíng)養(yǎng)儲(chǔ)備完成，有足夠的營(yíng)養(yǎng)可以供給后續(xù)出菇。這個(gè)目前沒有科學(xué)的數(shù)據(jù)衡量，通常以菌霜顏色開始輕微從白色變黃為準(zhǔn)。其次是地溫，菌絲發(fā)育及原基形成之前主要考察的溫度為土壤溫度，不同品種的原基發(fā)育溫度需求有別，以六妹羊肚菌13號(hào)為例，當(dāng)土壤溫度（地表5cm）溫達(dá)到8℃以上，持續(xù)7-10天，即可出菇。因此，催菇時(shí)間應(yīng)在該時(shí)間點(diǎn)往前推15-20天。土壤溫度與當(dāng)?shù)卣�體氣溫匹配，可通過調(diào)研往年的平均氣溫確定。