傳統(tǒng)上，可以通過進(jìn)行染色質(zhì)免疫沉淀和測(cè)序(ChIP-seq)來分析這些相互作用。但是這種方法需要大量的起始材料才能產(chǎn)生足夠強(qiáng)的信號(hào)以消除背景噪聲，并且經(jīng)常返回假陽性信號(hào)。同時(shí)，ChIP-seq還需要優(yōu)化的超聲處理來破碎染色質(zhì)，這可能非常耗時(shí)并可能導(dǎo)致樣品損失。

在zui近的項(xiàng)研究中，佛羅里達(dá)大西洋大學(xué)和國家糖尿病、消化和腎臟疾病研究所的科學(xué)家們利用CUT&RUN技術(shù)建立了個(gè)功能性全基因組圖譜，該圖譜是種稱為缺氧誘導(dǎo)因子的蛋白質(zhì)復(fù)合物的特異性結(jié)合位點(diǎn)—HIF1α，位于人眼的晶狀體中。該團(tuán)隊(duì)表示選擇CUT&RUN而不是ChIP-seq分析，是因?yàn)檎卟恍枰?span style="font-family: Calibri;">DNA-蛋白質(zhì)交聯(lián)。此外，與ChIP-seq相比，者成功實(shí)驗(yàn)所需的細(xì)胞計(jì)數(shù)J低。

在該實(shí)驗(yàn)中，CUT&RUN技術(shù)得以成功的應(yīng)用，有助于接下來的大量研究，重點(diǎn)是了解某些蛋白質(zhì)可能對(duì)基因表達(dá)的作用。

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